Program ekosistem kehutanan Yayasan KEHATI secara umum dilakukan melalui program reguler, Tropical Forest Conservation Action in Sumatra (TFCA-Sumatera) dan Tropical Forest Conservation Action in Kalimantan (TFCA-Kalimantan). Program reguler yang dijalankan berkesinambungan dari tahun ke tahun ini menggunakan hasil kelolaan dana abadi serta berbagai bentuk penggalangan dana. Program meliputi restorasi dan rehabilitasi, perhutanan sosial, pelestarian satwa (gajah sumatra dan badak kalimantan), kawasan Konservasi Kesatuan Pengelolaan Hutan (KPH), serta pengelolaan sampah.    

Selain itu, ada pula program khusus yang merupakan kegiatan berbasis proyek dengan misi kehutanan yang spesifik sebagaimana disepakati oleh komite penyelenggara, di mana KEHATI berperan sebagai administrator finansial dari proyek. Program ini dilakukan tidak hanya memberikan kontribusi pada pelestarian fungsi ekologi tetapi juga memperkuat aspek kelembagaan untuk mendukung keberlanjutan program, termasuk dukungan pada penyusunan kebijakan terkait keanekaragaman hayati pada tingkat nasional dan daerah.